Năm 1965, sau khi có được bằng tốt nghiệp về quay phim tại UCLA, Morrison bắt đầu sống theo phong cách Bohemian ở gần vùng biển Venice. Do chế độ ăn uống quá ít thức ăn nhưng lại thừa chất kích thích, đến năm 1966, Morrison mập lùn trước đây giờ đã biến thành bức tượng Chúa được trạm khắc bằng đá, hình ảnh bất hủ trong serie ảnh đen trắng chụp bởi Joel Brodsky. Được biết tới với cái tên "The Young Lion", chùm ảnh bao gồm cả hình Morrison để ngực trần trong tư thế của Chúa, bức ảnh sau này được dùng làm bìa album Best of The Doors.Morrison làm ngạc nhiên người bạn đồng môn tại UCLA là Ray Manzarek khi Ray được đọc ca từ trong "Moonlight Drive", và sau đó hai người đã thành lập nên The Doors. Ban nhạc nhanh chóng có thêm sự tham gia của tay trống John Densmore. Guitarist Robby Krieger đánh thử nhạc qua lời giới thiệu của Densmore cũng ngay lập tức tham gia vào nhóm.

Trong khi đa số tin rằng The Doors được đặt tên từ tựa sách "The Doors of Perception" của Aldous Huxley, thì tựa sách của Huxley lại là câu trích dẫn từ tác phẩm "The Marriage of Heaven and Hell" của William Blake, trong đó Blake đã viết "If the doors of perception were cleansed everything would appear to man as it is, infinite." (Nếu những cánh cửa của nhận thức được giữ sạch sẽ, mọi thứ sẽ hiện ra với con người đúng với bản chất của nó, là vô hạn). Tuy nhiên, có vẻ như The Doors đã lấy tên theo sách của Huxley, cuốn sách viết về những trải nghiệm với ma tuý.Âm thanh của The Doors là sự sáng tạo có ý nghĩa to lớn, vượt trội với giọng nam trung của Morrison tương phản với tiếng đàn keyboard của Manzarek, tiếng guitar mang phong cách flamenco có ảnh hưởng nhạc cổ điển của Krieger và tiếng trống giòn, biến đổi của Densmore. The Doors là độc nhất vô nhị vì họ không có cây guitar bass trong đội hình. Manzarek đảm nhận những âm bass với chiếc keyboard bass hiệu Fender mới ra đời lúc đó, một loại đàn piano điện tử nhỏ gam trầm của nhãn hiệu nổi tiếng Fender Rhodes. Cho dù nhóm có thêm vào những thu âm tại studio với những tay bass (có cả Lonnie Mack), The Doors vẫn xuất hiện là nhóm nhạc 4 thành viên trong các buổi trình diễn, ngoại trừ những dịp họ có sự tham gia của những khách mời đặc biệt như John Sebastian.

Tháng 6 năm 1966, một cuộc gặp mặt quan trong đã diễn ra, ở hộp đêm nổi tiếng Whisky-A-Go-Go khi The Doors mở màn cho nhóm nhạc Ireland, Them, với trưởng nhóm là Van Morrison. Theo Ray Manzarek, trong cuốn sách của mình, Light My Fire: "Van khiến Jim như chết đứng. Jim học theo từng bước đi của anh. Jim dõi theo anh một cách chăm chú…đêm cuối cùng…nhìn tất cả chúng tôi bị kẹt chặt giữa đám đông khổng lồ…Jim Morrison và Van Morrison cùng xuất hiện trên sân khấu. Và họ hát "Gloria" "

Có thể nói The Doors đã mở tung ra một khoảng trời mới cho nhạc rock, những ca từ phức tạp, siêu thực, giàu tính hình tượng của Morrison khám phá những chủ đề về tình dục, những điều thần bí, ma tuý, giết người, chứng điên cuồng và cái chết. Mặc dù Morrison được biết tới như là người sáng tác ca từ cho nhóm, nhưng Krieger cũng có những đóng góp nổi bật, viết hay đồng sáng tác một vài hit đáng nhớ nhất của nhóm, đáng kể là "Light My Fire" Clip, "Love Me Two Times" và "Touch Me".

Sự giáo dục từ trường đào tạo phim ảnh đối với Morrison và Manzarek đã sớm có những ảnh hưởng lên sự nghiệp của band. Vài thập kỷ trước khi video ca nhạc trở nên phổ biến, Morrison và The Doors đã sản xuất một phim quảng cáo cho "Break On Through", cũng là single phát hành đầu tiên của họ. Video này giới thiệu bốn thành viên chơi nhạc với một cảnh quay tối, các góc quay thay đổi xen kẽ và chiếu gần vào người trình diễn khi Morrison hát lip phần lời. Morrison và The Doors tiếp tục làm những video ca nhạc sáng tạo, bao gồm những video cho "The Unknown Soldier", "Moonlight Drive" và "People Are Strange".

The Doors lần đầu được nhắc tới ở tầm quốc gia là vào mùa xuân năm 1967 sau khi ký hợp đồng với nhãn hiệu Elektra Records. Single "Light My Fire", viết bởi Krieger, đạt vị trí số một vào tháng 6 năm 1967. Ba tháng sau, The Doors xuất hiện trong Ed Sullivan Show, serie truyền hình nổi tiếng tối Chủ nhật mà trước đó đã từng giới thiệu Elvis Presley và The Beatles đến với nước Mĩ. Theo phim của Oliver Stone về The Doors, mọi việc đã trở nên xấu đi sau khi những nhà kiểm duyệt cứ khăng khăng đòi thay đổi ca từ của "Light My Fire" từ "Girl we couldn’t get much higher" thành "Girl we couldn’t get much better" bởi vì ca từ gốc có ý nhắc tới ma túy. Cảnh quay gốc cho thấy Jim Morrison không nhấn mạnh từ "higher" mà thay vào đó là "fire", làm nảy sinh ý nghĩ rằng Morrison có ý định nhắc lại với người nghe vụ hoả hoạn ở số 12 phố Riot vào tháng 7 năm 1967 nơi mà lửa đã lan từ tây nam Detroit sang mạn Đông.

Đưa ra lời đảm bảo với chủ nhà Ed Sullivan, nhưng Morrison vẫn hát những ca từ gốc trong buổi chiếu trực tiếp trên TV. Sullivan phát điên đến mức từ chối bắt tay họ sau buổi diễn. Sau đó họ không bao giờ được mời trở lại. Về điều này, Jim phát biểu: "Đã sao? Dù gì chúng tôi cũng đã tham gia Ed Sullivan Show".Vào thời điểm phát hành album thứ hai, Strange Day, The Doors đã trở thành một trong những ban nhạc rock nổi tiếng nhất nước Mĩ. Âm thanh pha trộn giữa Blues và Rock đầy ảo giác của họ chưa bao giờ được nghe tới trước đó. Vốn ca khúc của The Doors nhìn chung bao gồm cả thành công của những ca khúc gốc cũng như những bản cover đặc biệt, như phần thể hiện đáng nhớ của "Alabama Song"- bản operetta của Bertolt Brecht và Kurt Weill, "Rise and Fall of the City of Mahagonny".

Bộ tứ cũng khai phá một vùng đất mới trong nhạc rock với những tác phẩm kéo dài về thời gian bao gồm bản anh hùng ca "The End" và "When The Music’s Over", và tổ khúc mở rộng mà họ đã chơi trong các buổi trình diễn "Celebration of the Lizard".

Năm 1968, The Doors phát hành album LP thứ ba của họ, "Waiting for the Sun". Thực ra, trong quá trình sản xuất, Morrison đã thuyết phục các thành viên còn lại của nhóm cũng như nhà sản xuất về việc thu âm một "concept album". Với mặt thứ nhất, họ đã thu âm chủ yếu là những ca khúc rock dài khoảng 3 phút, trong khi mặt thứ hai họ đã thu âm toàn bộ phần trình diễn tổ khúc mở rộng "Celebration of the Lizard". Tuy nhiên, cuối cùng quyết định ngược lại đã được đưa ra bởi hãng đĩa của họ là Elektra Records. Sau đó, chỉ có một đoạn ngắn trong "Celebration of the Lizard" với cái tên "Not To Touch The Earth" được đưa vào album LP cuối cùng. Theo thông thường ca khúc điểm nhấn được mở rộng sẽ ở cuối album, "Waiting for the Sun" đã kết thúc với ca khúc dài 5 phút là "Five To One".

Vào thời điểm này, The Doors đã có tất cả nhưng họ cũng đã cạn kiệt những ca khúc dự trữ mà Morrison đã viết. Những bài thơ anh viết trước đây và câu chữ từ những cuốn sách anh yêu thích đã cung cấp chất liệu cho 3 album đầu tiên của họ. Trong khi đó, quan điểm của Morrison về nhạc rock, về khán giả cũng như bệnh ngôi sao đã bắt đầu xuất hiện. Anh trở nên ngày một đối nghịch với người hâm mộ, với những tiếng la hét đòi nghe những hit quá quen thuộc qua sóng radio như "Light My Fire" hay "Love Me Two Times" cũng như không ai chịu nhận thấy giá trị của những khám phá của anh trong sáng tác thơ hay trình diễn kịch.

Điều này có vẻ không ảnh hưởng nhiều đến Morrison hay The Doors, khi mà album thứ tư của họ, "The Soft Parade", nặng về phần phối nhạc và thể hiện những âm thanh của Pop nhiều hơn. Đây cũng là album đầu tiên mà mỗi thành viên trong nhóm đưa ra những xác nhận trong nội bộ về việc ca khúc nào do ai sáng tác. Phần lớn của quyết định này là dành cho những thành viên muốn có tên mình kèm theo những hit trên sóng phát thanh, cũng là để Robbie Krieger tìm kiếm một khoản tiền cho việc đóng góp nhiều hơn vào album trong suốt thời gian Morrison thờ ơ và vắng mặt.

"The Soft Parade" bị chỉ trích rộng rãi trên các phương tiện truyền thông, vì sự xa lánh của fan hâm mộ khi họ đã mong đợi quá nhiều ở The Doors, cũng vì sự nhạt nhẽo của nó khi đem ra so sánh với những cống hiến ban đầu của The Doors. Ca từ của Morrison cũng nhận phải nhiều chỉ trích của báo giới.

Morrison sống buông thả cùng với câu văn thường được nhắc lại của Blake, "The road of excess leads to the palace of wisdom" (Con đường của sự thái quá sẽ dẫn đến lâu đài của sự khôn ngoan). Ngay cả trước khi The Doors được thành lập, Morrison đã dùng rất nhiều LSD nhưng nhanh chóng chuyển sang rượu, thứ đã huỷ hoại sức khoẻ của anh. Anh cũng gián tiếp mắc một số chứng nghiện rượu. Càng ngày anh càng để lộ ra những lần say sưa ngay trong khi thu âm (Người ta thậm chí còn nghe tiếng Anh nấc trong ca khúc "Five To One") cũng như đến muộn giờ trong những buổi biểu diễn trực tiếp, điều này đã khiến band phải câu giờ trên sân khấu với việc chỉ đánh nhạc hay đôi khi Ray Manzarek phải đảm nhận vai trò ca sĩ bất đắc dĩ. Những lần quá đà và sự thờ ơ đã làm xấu đi hình ảnh của Morrison và band của anh.Năm 1969, chàng ca sĩ mảnh khảnh trước đây bắt đầu phát phì vì uống quá nhiều rượu. Mặc dù bìa trước của album "Absolutely Live" năm 1970 mô tả một Morrison "mày râu nhẵn nhụi, áo quần bảnh bao" nhưng thực ra đó là bức hình của 2 năm về trước. Trong thời gian thực hiện tour diễn để thu âm live album, Morrison đã tăng 20 pound ~ 9 cân (175 pounds ~ 80 cân). Anh đã cố gắng tách mình khỏi hình ảnh "Vua Thạch Sùng" bằng cách để râu và mặc những đồ thụng, quần jeans và T-shirt thông thường.

Suốt buổi trình diễn tại The Dinner Key Auditorium ở Miami, người ta thấy một Morrison say xỉn ra sức khuấy động khán giả. Anh đã thất bại, nhưng thay vào đó lệnh bắt giữ của cảnh sát về tội gây rối trật tự đã được ban hành khoảng 3 ngày sau đó trong khi band đang đi nghỉ ở Jamaica. Cuối cùng Morrison bị kết án gây rối trật tự và báng bổ công chúng. Vấp ngã với sự kiện này dẫn đến hậu quả là sự phản đối của công chúng và nhiều buổi diễn đã lên lịch của The Doors buộc phải huỷ bỏ.

Sau vụ việc của Morrison và những lời chỉ trích dữ dội dành cho "The Soft Parade", không thể ngờ là The Doors lại tiếp tục với những âm thanh mà họ đã tạo ra trong "The Soft Parade" với việc phát hành "Morrison Hotel". Album thể hiện một chút âm hưởng của pop-blues và những ca từ dễ nghe hơn đã thế chỗ cho những ca từ dữ dội, sâu thẳm đậm chất thơ như trong "The End". "Morrison Hotel" thể hiện những ca từ dễ tiếp cận hơn rất nhiều. Vì mang tính chất thương mại nhiều hơn, "Morrison Hotel" cũng đã đưa The Doors quay trở lại với các bảng xếp hạng.

Sau thời gian dài tan vỡ, nhóm nhạc tái hợp vào tháng 10 năm 1970 để thu âm Album được chứng minh là album cuối cùng của họ với Morrison, album "L.A Woman". Nó trở thành đỉnh cao nhất của The Doors cùng với những âm thanh mới mang tính thương mại, thể hiện những âm thanh êm dịu của nhạc cụ vùng Nam California cùng với lyric mang phong cách "Bubblegum-pop", như những câu hát đơn điệu vô nghĩa trong "Mr.Mojo Risin’" (một trong những biệt hiệu của Morrison). Album "L.A Woman" bên cạnh ca khúc cùng tên còn có "Texas Radio and the Big Beat", "Been Down So Long", "The Changeling" và "Riders on the Storm", ca khúc với những âm thanh thương mại đã ngay lập tức trở thành tiết mục chủ yếu trên sóng FM.

"L.A Woman" cũng chứng kiến một thay đổi lớn khác trong sự nghiệp thu âm của nhóm. Không lâu sau khi công việc bắt đầu, nhà sản xuất Paul A.Rothchild, người đã chứng kiến tất cả những thu âm trước đây của nhóm, rút ra khỏi dự án do không hứng thú với chất liệu âm thanh mới của nhóm, cái mà ông gọi là "thứ âm nhạc vật vờ". Kĩ sư làm việc lâu năm cùng nhóm là Bruce Botnick vào thế chỗ. Một vài đoạn hát của Morrison được thực hiện trong phòng tắm tại văn phòng của The Doors do có được hiệu quả tiếng vang nổi bật, và đặc biệt có liên quan đến chất lượng của những âm thanh dội ngược lại.

The Doors đi theo khuôn mẫu của rất nhiều band rock chơi nhạc ảo giác ở dưới đường ngầm hay trong garage của những năm 1960. Những ca khúc đầu tiên của The Doors thể hiện ca từ đầy ý nghĩa, dữ dội và đầy thách thức đối với người nghe, và âm thanh dứt khoát là non-pop. Tuy nhiên, đến những năm 1970, The Doors trở nên thương mại hoá cũng giống như hard rock thời đó.

Morrison có rất nhiều nickname nổi tiếng. "Mr.Mojo Risin’" -đảo chữ cái từ tên của anh - được sử dụng như một điệp khúc ở phần cuối của single "L.A Woman" và "The Lizard King" từ câu thơ trong thiên sử thi nổi tiếng của anh là "Celebration of the Lizard", một phần của nó đã xuất hiện trong album năm 1968 của The Doors "Waiting for the Sun" và cuối cùng được ghi lại đầy đủ trong album "Absolutely Live" phát hành năm 1970. "Absolutely Live" được biên tập từ những đoạn băng ghi trực tiếp tại một số địa điểm khác nhau như Los Angeles, Detroit, New York, Philadelphia và Pittburgh.